Estudos (curto prazo):

• Identificação de origem parental (genealogia);

• Identificação e proteção de variedades e/ou clones;

• Atribuição de linhagens a grupos heteróticos;

• Certificação de pureza genética de linhagens e híbridos;

• Monitoramento de fecundação cruzada e autofecundação em pomares de espécies perenes;

• Avaliação de germoplasma e populações de melhoramento (diversidade, classificação, distância genética e filogenia);

• Construção de coleções nucleares em bancos ativos de germoplasma;

• Avaliações de qualidades física e química em sementes;

• Cultivo in vitro;

• Análises de estresses bióticos e abióticos;

• Padrões de expressão gênica por qPCR (quantitative Polymerase Chain Reaction).

Estudos (médio e longo prazos):

• Construção de mapas genéticos de ligação;

• Mapeamento de QTLs (Quantitative Trait Loci) e QRLs (Quantitative Resistance Loci);

• Investigação da arquitetura de características quantitativas (número, posição, ação gênica, magnitude de efeitos e interação de QTLs);

• Exploração de locos homólogos em espécies distintas ou gêneros por meio do mapeamento comparativo;

• Introgressão de características via retrocruzamentos assistidos por marcadores moleculares;

• Seleção e recombinação dirigida de genótipos superiores;

• Seleção durante o desenvolvimento de linhagens/famílias endogâmicas;

• Seleção indireta para característica de difícil avaliação (resistência a fatores bióticos e abióticos, ou características industriais);

• Seleção precoce em culturas perenes;

• Clonagem de genes baseada em mapeamento.